PPP模式與BOT方式既有相同之處，也有不同之處。概括地說，他們之間有二個明顯的不同點，分別是：

1、組織機構設置不同

以BOT模式參與項目的公共部門和私人企業之間是以等級關系發生相互作用的。在組織機構中沒有一個相互協調的機制，不同角色的參與各方都有各自的利益目標——自身利益大化。

PPP模式是一個完整的項目融資概念，它是政府、贏利性企業和非贏利性企業基于某個項目而形成的以“雙贏”或“多贏”為理念的相互合作形式，參與各方可以達到與預期單獨行動相比更為有利的結果。

2、運行程序不同

BOT模式運行程序包括：確立項目階段--招投標--成立項目公司--項目融資--項目建設--項目運營管理--項目移交。

PPP模式運行程序包括：選擇項目合作公司--確立項目--成立項目公司--招投標和項目融資--項目建設--項目運行管理—項目移交。

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