排污許可證制度主要依據《環境保護法》、《大氣污染防治法》、《水污染防治法》等三項法律。其中：

《環境保護法》第四十五條：國家依照法律規定實行排污許可管理制度。實行排污許可管理的企業事業單位和其他生產經營者應當按照排污許可證的要求排放污染物；未取得排污許可證的，不得排放污染物。

《大氣污染防治法》第十九條：排放工業廢氣或者本法第七十八條規定名錄中所列有毒有害大氣污染物的企業事業單位、集中供熱設施的燃煤熱源生產運營單位以及其他依法實行排污許可管理的單位，應當取得排污許可證。

《水污染防治法》第二十條：國家實行排污許可制度。直接或者間接向水體排放工業廢水和醫療污水以及其他按照規定應當取得排污許可證方可排放的廢水、污水的企業事業單位，應當取得排污許可證；城鎮污水集中處理設施的運營單位，也應當取得排污許可證。禁止企業事業單位無排污許可證或者違反排污許可證的規定向水體排放前款規定的廢水、污水。